Selamat malam semua!
Malam ini saya akan membuat sebuah rangkuman dari 3 judul jurnal berikut :
- Peran Bioinformatika dalam Kajian Interaksi Protein-Protein
- Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sequens.
- Metode Desain Vaksin
Pendahuluan
Eksperimen basah biologi molekuler telah menghasilkan data biologi dalam jumlah banyak. Data tersebut diserahkan kepada online database. Bioinformatika adalah ilmu gabungan antara ilmu biologi dan ilmu komputer. Tugas bioinformatika adalah mengelola data tersebut menjadi informasi yang berguna. Online database yang tersedia adalah GenBank dari Amerika Serikat (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), DDBJ dari Jepang (http://www.ddbj.nig.ac.jp), dan EBI dari Uni Eropa (http://www.ebi.ac.uk) (Claverie et al, 2003)
Protein adalah kelas molekul yang sangat penting dalam sel. Sebagian besar fungsi protein adalah berinteraksi dengan molekul lain, terutama dengan sesama protein. Sekarang ilmuwan dapat memetakan seluruh interaktom manusia secara bioinformatika, menggunakan data eksperimen yang berlimpah dari berbagai metode, seperti analisis years two hybrid(Gong et al, 2005).
Struktur protein telah dipecahkan, bersama model teoritis, didepositkan pada bank data struktur protein yang disebut Protein Data Bank (PDB). Bank data ini dapat diakses pada http://www.rsbc.org.
Eksplorasi enzim merupakan hal yang penting untuk menunjang perkembangan teknologi bio yang lebih ramah lingkungan. Pencarian mikroba secara tradisional dengan kultivasi sekarang ini menjadi lebih tidak efisien karena menghabiskan biaya dan tenaga. Bionformatik hadir sebagai alternatif pencarian sekuen enzim baru menggunakan analisis filogeni (kekerabatan) untuk mencari spedied terdekat berdasarkan data genome yang di GeneBank. Situs yang menyediakan fitur ini adalah National Center for Biotechnology Information yang secara online.
Penelitian bioinformatik berbasis web ini bertujuan untuk melakukan eksplorsi enzim kitosanase dengan program berbasis web, dengan menggunakan potongan sekuen 16s ribosomal RNA (16S rRNA). Analisis yang dilakukan adalah mencari tahu apakah sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Diharapkan hasil penelitian ini dapat membantu memberikan anotasi penamaan untuk strain baru yang memudahkan analisis sekuen DNA dan protein secara lebih lanjut.
