Rangkuman 3 Jurnal Tentang Bioinformatika

pratama

Selamat malam semua!
Malam ini saya akan membuat sebuah rangkuman dari 3 judul jurnal berikut :

  1. Peran Bioinformatika dalam Kajian Interaksi Protein-Protein
  2. Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sequens.
  3. Metode Desain Vaksin

Pendahuluan

Eksperimen basah biologi molekuler telah menghasilkan data biologi dalam jumlah banyak. Data tersebut diserahkan kepada online database. Bioinformatika adalah ilmu gabungan antara ilmu biologi dan ilmu komputer. Tugas bioinformatika adalah mengelola data tersebut menjadi informasi yang berguna. Online database yang tersedia adalah GenBank dari Amerika Serikat (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), DDBJ dari Jepang (http://www.ddbj.nig.ac.jp), dan EBI dari Uni Eropa (http://www.ebi.ac.uk) (Claverie et al, 2003)

Protein adalah  kelas molekul yang sangat penting dalam sel. Sebagian besar fungsi protein adalah berinteraksi dengan molekul lain, terutama dengan sesama protein. Sekarang ilmuwan dapat memetakan seluruh interaktom manusia secara bioinformatika, menggunakan data eksperimen yang berlimpah dari berbagai metode, seperti analisis years two hybrid(Gong et al, 2005).

Struktur protein telah dipecahkan, bersama model teoritis, didepositkan pada bank data struktur protein yang disebut Protein Data Bank (PDB). Bank data ini dapat diakses pada http://www.rsbc.org.

Eksplorasi enzim merupakan hal yang penting untuk menunjang perkembangan teknologi bio yang lebih ramah lingkungan. Pencarian mikroba secara tradisional dengan kultivasi sekarang ini menjadi lebih tidak efisien karena menghabiskan biaya dan tenaga. Bionformatik hadir sebagai alternatif pencarian sekuen enzim baru menggunakan analisis filogeni (kekerabatan) untuk mencari spedied terdekat berdasarkan data genome yang di GeneBank. Situs yang menyediakan fitur ini adalah National Center for Biotechnology Information yang secara online.

Penelitian bioinformatik berbasis web ini bertujuan untuk melakukan eksplorsi enzim kitosanase dengan program berbasis web, dengan menggunakan potongan sekuen 16s ribosomal RNA (16S rRNA). Analisis yang dilakukan adalah mencari tahu apakah sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Diharapkan hasil penelitian ini dapat membantu memberikan anotasi penamaan untuk strain baru yang memudahkan analisis sekuen DNA dan protein secara lebih lanjut.

Baca selengkapnya »

0 komentar

Label: ,

File service, Komponen File Service dan Interface Service

pratama

File Service

File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarka pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin. File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file. File sistem merupakan mekanisme penyimpanan on-line serta untuk akses, baik data maupun program yang berada dalam sistem operasi.

Karakteristik dari File System

File Sistem adalah bertanggung jawab untuk pengorganisasian, penyimpanan, pencarian keterangan, penamaan, sharing atau pembagian dan protection atau perlindungan dari file-file. File berisi dari dua bagian penting yaitu data dan atribut. File sistem didesain untuk menyimpan dan mengatur banyak dan besar file dengan fasilitas untuk membuat, memberi nama dan menghapus file. File system juga bertanggung jawab untuk pengontrolan dari akses file, akses terbatas ke file oleh user yang berhak dan tipe-tipe dari akses yang diminta.

Baca selengkapnya »

1 komentar

Label: ,

Pengenalan Komputasi Modern

pratama

Komputasi Modern sebuah sistem yang menyelesaikan sebuah masalah dengan menggunakan komputer menggunakan algoritma sebagai pemecahan masalah tersebut.

Secara Umum Komputasi bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Komputasi merupakan suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer. Komputasi yang menggunakan komputer inilah yang disebut dengan Komputasi Modern.

Sejarah Komputasi Modern Awal mula dari komputasi adalah adanya perhitungan-perhitungan angka yang dilakukan manusia. Manusia telah mengenal angka dan perhitungan sejak berabad-abad yang lalu. Bangsa romawi pun telah dapat menghitung sistem kalender dan rasi bintang. Seiring dengan perkembangan zaman manusia pun melakukan perhitungan-perhitungan yang lebih kompleks. Otak manusia juga mengalami keterbatasan dalam menghitung angka yang jumlahnya bisa berdigit-digit, kemudian diciptakan alat sempoa untuk menghitung, kemudian dekembangkan menjadi kalkulator, Karena semakin berkembangnya alat dan kebutuhan semakin banyak pula data-data yang ingin dihitung, dan mulailah ide pembuatan untuk membuat komputer sebagai alat hitung dengan konsep komputasi modern. Tidak hanya itu, komputer yang diciptakan hingga sekarang ini bukan menjadi sebuah alat yang digunakan untuk menghitung, tapi juga bisa menyimpan,mengedit dan mengolah kata serta masih banyak lagi kegunaan dan kelebihan yang dimiliki oleh komputer.

Baca selengkapnya »

0 komentar

Label: ,

Model OSI

pratama

Model referensi jaringan terbuka OSI atau OSI Reference for open networking adalah sebuah model arsitektural jaringan yang dikembangkan oleh badan Internatioanal Organization for Standardization (ISO) di Eropa pada tahhun 1977. Nah, OSI itu merupakan singkatan dari Open System Interconnection. Kalau dalam bahasa Indonesia biasanya model OSI diartikan sebagai “Model tujuh lapis OSI”.

 Dahulu jaringan komputer sangat tergantung kepada pemasok namun semenjak Model OSI ditemukan, OSI berupaya membentuk standart umum jaringan komputer untuk menunjang suatu interoperatibilitas antar pemasok yang berbeda. Biasanya suatu jaringan terdapat banyak protokol jaringan yang berbeda. Dari banyaknya protokol tersebut tidak ada satu protokol pun yang sama, sehingga membuat banyak perangkat tidak bisa saling berkomunikasi.

 Dengan proses pengembangannya akhirnya OSI Reference Model pun dilihat sebagai sebuah model ideal dari koneksi logis yang harus terjadi agar komunikasi data dalam jaringan dapat berlangsung. Didalam dunia nyata terdapat beberapa protokol seperti TCP/IP, DECnet dan IBM Systems Network Architecture (SNA) memetakan tumpukan protokol (protokol stack) mereka ke OSI Reference Model.  OSI Reference Model pun digunakan sebagai titik awal untuk mempelajari bagaimana beberapa protokol jaringan didalam  sebuah kumpulan protokol dapat berfungsi dan berinteraksi.

Baca selengkapnya »

0 komentar

Label: ,

Website Komputasi Modern

pratama

Pada malam ini saya akan membahas tentang Komputasi Modern dengan contohnya.

Komputasi Modern adalah sebuah sistem yang menyelesaikan sebuah masalah dengan menggunakan komputer menggunakan algoritma sebagai pemecahan masalah tersebut.

Saya akan menggunakan website codefights.com untuk menjadikannya sebagai sebuah contoh dalam komputasi modern. Berikut adalah tampilan dari website codefights.com


pada halaman awal terdapat sebuah menu untuk melakukan sebuah pendaftaran agar bisa memainkan sebuah permainan yang unik yaitu dimana si user harus memecahkan sebuah kasus dan dituntut untuk menyelesaikannya sebelum lawan agar bisa menang.

Baca selengkapnya »

0 komentar

Label: ,